Примечание целесообразно размещать внутри текста в следующих случаях.
Во-первых, когда оно относится к цитате и представляет собой оговорку, что слова в цитате выделены не ее автором, а цитирующим. Исключение составляет случай, когда выделения сделаны цитирующим во всех цитатах. Тогда, чтобы не повторять одно и то же примечание в каждой цитате, к первой из них автор делает подстрочное примечание с предупреждением о том, что во всех цитатах слова выделены им (такое примечание переносят под строку, в низ полосы, чтобы сильнее подчеркнуть повсеместный его характер).
Во-вторых, когда примечание кратко, попутно выражает отношение цитирующего к тому или иному месту цитаты. Иногда это всего лишь знак восклицания или вопроса или оба они вместе.
В-третьих, когда в инструктивно-уставной литературе надо отделить от основных положений побочные и дополнительные, уточняющие и отсылающие.
Примечание делают подстрочным, с одной стороны, когда оно сравнительно велико и внутри текста помешало бы основному изложению, а с другой - когда его нельзя вынести за пределы текста то ли потому, что оно понадобится читателю именно по ходу чтения, то ли потому, что для автора очень важно, чтобы читатель непременно обратился к примечанию, обязательно заглянул в него (вероятность обращения к подстрочному примечанию выше, чем к затекстовому: не всякий читатель прервет чтение ради затекстового примечания, искать которое - занятие довольно утомительное).
Затекстовые примечания применяются:
во-первых, в изданиях строго научных, когда они содержат всякого рода дополнительные сведения, с которыми можно познакомиться даже в отрыве от текста, или когда примечаний очень много, они велики по объему и слишком загромождают основной текст, очень усложняя верстку;
во-вторых, в изданиях научно-популярных, когда примечания содержат дополнительные сведения серьезного научного характера, интересные лишь какой-то, сравнительно небольшой части читателей таких изданий;
в-третьих, в изданиях с особо художественным оформлением (например, в искусствоведческих), чтобы не ухудшать внешний вид полос.